分子动力学允许原子和分子在一个固定的时间段内相互作用，使人们看到系统的动态 "演变"。
LAMMPS MD软件包的公共开发项目
Folding@home COVID-19的努力
OpenMM是一个使用高性能GPU代码进行分子模拟的工具箱。
用于多体势能表示和分子动力学的深度学习包
MDAnalysis是一个用于分析分子动力学模拟的Python库。
与化学有关的Python软件包的精选列表
SchNetPack - 原子系统的深度神经网络
一个用于分析分子动力学轨迹的开放库
使用PyTorch的端到端分子动力学（MD）引擎
NequIP是一个用于建立E(3)等价原子间势的代码。